Rễ mầm: mọc ra đầu tiên, khi hạt lúa nảy mầm. Mỗi hạt lúa có 1 rễ mầm, không ăn sâu, không phân nhánh, có lông ngắn, rễ dài từ 10-15cm. Có nhiệm vụ hút nước, sau đó chết khi cây mạ được 3-4 lá, sau đó rễ thứ cấp mọc.
Rễ phụ (rễ bất định): mọc ra từ các mắt (đốt trên thân). Mỗi mắt có từ 5-25 rễ phụ, mọc dài, nhiều nhánh, có lông hút, các đốt dưới thường khích nhau nên tạo thành chùm. Đối với điều kiện khô rễ mọc thành từng chùm to, rễ nhiều, ăn sâu, tăng khả năng hút nước. Đối với điều kiện ngập nước, bộ rễ ít ăn sâu.

• Sự phát triển của rễ qua các giai đoạn sinh trưởng.

• Một số bệnh lý cơ bản của rễ thường gặp
1. Bướu rễ do tuyến trùng (Nematodes)
Tác nhận: tuyến tùng Meloidogyne sp.
Triệu chứng: rễ lúa có các bướu, thường nhất ở chót rễ hoặc có thể gặp ở bất kỳ vị trí nào trên rễ. Cây lúa kém phát triển, vàng lá, giảm đẻ nhánh. Trường hợp bị nặng, bụi lúa lùn, lá lúa vàng và chết khô.
2. Ngộ độc phèn
- Triệu chứng trên rễ : bộ rễ có màu vàng nâu , quăn queo , vuốt rễ thấy nhám , không có ra rễ trắng mới, rễ không bắt phân
- Trên lá , lá chuyển từ màu xanh sang vàng và cháy khô ở chóp lá ( lúa nhỏ ) hoặc từ màu xanh thẫm chuyển sang tím , trên lá có nhiều đốm nâu đỏ lúc lúa gần trổ

3. Ngộ độc do axit hữu cơ
- Trên lá , lá lúa vàng đỏ từ chóp lá lan dài xuống , bị nặng lá lúa cháy khô , cây còi cọc không nở nhánh
- Trên rễ : rễ có màu đen , không có rễ mới nhiều, ngửi có mùi tanh hôi.

4. Thối gốc do vi khuẩn
- Tác nhân: Erwinia sp.
- Triệu chứng: ở bẹ lá lúa bị héo có vết thối mà nâu sậm, màu lá vẫn còn xanh, bẹ mọng nước sau đó cháy khô từng chồi lúa và gục xuống. Khi nhổ bụi lúa lên thì lúa bị đứt ngang gốc thân hoặc rễ rất ít, ngắn, bị thối đen và có mùi hôi. Dễ bội nhiễm cùng nấm bệnh đạo ôn làm chết cả bụi nhanh chóng.